Phenelzine được sử dụng chủ yếu trong điều trị rối loạn trầm cảm chính (MDD). Bệnh nhân có triệu chứng trầm cảm đặc trưng là "không điển hình", "không có gen" và/hoặc "loạn thần kinh" đáp ứng đặc biệt tốt với phenelzine.[1] Thuốc cũng hữu ích ở những bệnh nhân không đáp ứng thuận lợi với các phương pháp điều trị đầu tiên và thứ hai cho bệnh trầm cảm, hoặc " kháng trị ".[2] Ngoài việc là một phương pháp điều trị được công nhận đối với chứng rối loạn trầm cảm lớn, phenelzine còn có hiệu quả trong điều trị chứng loạn trương lực,[3] trầm cảm lưỡng cực (BD),[4] rối loạn hoảng sợ (PD),[5] rối loạn lo âu xã hội,[6] bulimia,[6][7][7] và rối loạn căng thẳng sau chấn thương (PTSD).[8]